Ostatnie dziesięciolecie XX wieku, to kolejne sukcesy Bayeru.
Na początek, w sezonie 1990/1991 Bayer dotarł do ćwierćfinału Pucharu UEFA.
12 czerwca 1993 roku na stadionie Olimpijskim w Berlinie, klub z Leverkusen odniósł swój największy krajowy sukces, zdobywając Puchar Niemiec.
Rywalami podopiecznych Dragoslava Stepanovica byli amatorzy miejscowej Herthy BSC, a gola dającego trofeum w 77 minucie zdobył Ulf Kirsten.
Kirsten ponadto w lidze z 20 bramkami, został pierwszym królem strzelców w barwach Bayer Leverkusen.
Skład Bayeru z finału Pucharu Niemiec:
Rudiger Vollborn - Franco Foda, Christian Worns, Martin Kree, Andreas Fischer - Heiko Scholz, Ioan Lupescu, Pavel Hapal, Markus Happe - Ulf Kirsten, Andreas Thom.
W kolejnym sezonie, Bayer po raz pierwszy zajął miejsce na podium w Bundeslidze, uzyskując 3 lokatę.
W tym samym roku, dotarł do ćwierćfinału nieistniejącego już Pucharu Zdobywców Pucharów. Jeszcze lepszą przygodę z europejskich pucharami Bayer zanotował w kolejnym sezonie, gdy dotarł do półfinału Pucharu UEFA.
Nerwowym sezonem był 1995/96, gdy utrzymanie w Bundeslidze Bayer zapewnił sobie w ostatniej kolejce, remisem 1:1 z 1 FC Kaiserslautern.
W następnym sezonie drużynę przejął Christoph Daum i wraz z zespołem został wicemistrzem Niemiec. Ulf Kirsten z 22 bramkami sięgnął wtedy po koronę króla strzelców w Bundeslidze, co powtórzył rok później.
Dzięki wicemistrzostwu, Bayer zadebiutował w wielkiej Lidze Mistrzów, dochodząc od razu do ćwierćfinału. Pierwszy mecz Bayer w tych rozgrywkach zagrał w eliminacjach z Dinamo Tibilisi, gromiąc gruziński zespół aż 6:1. Pierwszego gola w Lidze Mistrzów zdobył Hans-Peter Lehnhoff.
W tych samych latach przebudowany został stadion Haberland, któremu nadano nazwę BayArena i mógł pomieścić 22.500 tys. widzów.
Piłka Nożna w Leverkusen rozwinęła się jeszcze bardziej w 1998 roku, kiedy to Bayer 04 Leverkusen przekształcił się w Bayer 04 Leverkusen Fußball GmbH. Na czele zarządu klubu stanęli wówczas Wolfgang Holzhauser i Reiner Calmund.
Na koniec XX wieku, Bayer po raz drugi został w Bundeslidze wicemistrzem.
| 1. | Bayern Monachium | 13 | 28 |
| 2. | Borussia Dortmund | 13 | 26 |
| 3. | Bor. Mönchengladbach | 13 | 26 |
| 4. | FC Schalke 04 | 13 | 25 |
| 5. | Werder Brema | 13 | 23 |
| 7. | Bayer 04 Leverkusen | 13 | 21 |
| 1. | Eren Derdiyok | 6 |
| 2. | Sidney Sam | 4 |
| 3. | Stefan Kiessling | 3 |
| 4. | Andre Schurrle | 2 |
| 5. | Michael Ballack | 2 |