Historia - Nowe tysiąclecie

Nowe tysiąclecie rozpoczęło się od serii sukcesów. Po ukończeniu Bundesligi dwukrotnie w czołówce, celem stał się tytuł mistrzowski w sezonie 1999/2000.

Tytuł był na wyciągnięcie ręki. Przed ostatnią kolejką Bayer miał trzy punkty przewagi nad Bayernem Monachium. Wystarczyło zremisować w meczu z Unterhaching. Niestety piłkarze z Leverkusen przegrali, Bayern wygrał i to zawodnicy z Monachium zdobyli „majstra”.

W sezonie 2001/2002 Bayer 04 był bliski zdobycia trzech trofeów, a niestety nie zdobył żadnego. W lidze o punkt wówczas podopiecznych Klausa Toppmöllera wyprzedziła Borussia Dortmund. Z kolei w finale Pucharu Niemiec lepsze okazało się Schalke, wygrywając 2:4(1:1). Na otarcie łez pozostał finał Ligi Mistrzów z Realem Madryt, niestety przegrana 2:1 odebrała ostatnią szansę sukcesu w tamtym sezonie. Cienka linia pomiędzy sukcesem a porażką ukazała się kolejnym sezonie, kiedy to Bayer zapewnił sobie utrzymanie, pokonując w ostatniej kolejce Norymbergę.

Początek sezonu 2004/2005 był ciężki ze względu na długą listę kontuzjowanych zawodników. Po dobrej grze w fazie grupowej Ligi Mistrzów (awans z 1. miejsca) Bayer uległ w 1/16 Liverpoolowi(w dwumeczu 2:6). Sezon w Bundeslidze podopieczni Klausa Augenthalera ukończyli na 6. pozycji.

Zapewniło to kwalifikacje do Pucharu UEFA. W tym samym sezonie, Reiner Calmund zrezygnował ze stanowiska dyrektora sportowego ze względu na kłopoty zdrowotne.

Początek sezonu 2005/2006 był rozczarowujący pod względem wyników. Po czterech spotkaniach zwolniony został Klaus Augenthaler. Tymczasowym trenerem został Rudi Völler, któremu nie udało się zapobiec odpadnięciu Bayeru z Pucharu UEFA w pojedynku z CSKA Sofia. 9 października nowym szkoleniowcem ogłoszono Michaela Skibbe. Udana druga część sezonu zapewniła zakwalifikowanie się do Pucharu UEFA(5 miejsce w Bundeslidze).

Skibbe swoje osiągnięcie powtórzył rok później, ponownie zajmując 5 miejsce w lidze.